もとは吉水院(きっすいいん)と称し、社伝では白鳳年間(650~654年)に役小角(えんのおづぬ、役行者)によって建立されたと伝わる。
修験道の勢力とともに発展してきたが、明治維新の神仏分離の際に神社となった。後醍醐天皇を祭神とし、南朝方の忠臣であった楠木正成、吉水院宗信法印を合祀(ごうし)している。
後醍醐天皇のほか、源義経、豊臣秀吉ゆかりの地でもあり、百二十数点に上る重要文化財や秘宝を所蔵している。
書院は初期書院造りの代表的傑作として重要文化財に指定されており、後醍醐天皇の玉座や、源義経が兄・頼朝の追っ手を逃れて、静御前、弁慶らとともに潜居したと伝えられる間などがある。
また、文禄3年(1594)3月には、豊臣秀吉の花見の本陣となった。
所在地:奈良県吉野郡吉野町吉野山
拝観時間:9時00分~17時00分