元興寺の一院で、称徳天皇の百万塔を収めたところといわれる。一方、寺によると、聖武天皇のころ、元興寺の西の金堂と呼ばれた吉祥堂が、大仏開眼の導師を務めた菩提遷那(ぼだいせんな)の来日を機に小塔堂として改築され、これを中心に小塔院が形成されたという。
また、境内に奈良時代から平安時代初期にかけて活躍した法相宗の僧、護命(ごみょう)の供養塔があり、護命ゆかりの寺院跡ともいわれている。
宝徳3年(1451)の大火でほとんどの堂宇が焼失してしまい、現在は江戸時代に建てられた虚空蔵堂がひっそりと建つのみである。
昭和40年(1965)6月2日、境内一円が「元興寺小塔院跡」として、国の史跡に指定された。
所在地:奈良県奈良市西新屋町45
拝観時間:8時00分~17時00分